陆沉白天是普通程序员，夜里却被反复出现的代码残影拖入怪梦。直到一个叫沈从戎的男人在暗巷中递来红色药丸，他才看清整座城市只是覆盖在废墟之上的数据投影。

吞下药丸后，陆沉从培养皿中醒来，浑身插满管线，眼前是机械收割人类生物电的巨型农场。他被带入地下城锡安，成为反抗军眼中可能打破循环的变量。

反抗军领袖林未然教他重写规则，但每次觉醒都伴随特工赵夜白的追杀。对方能附身无辜者，也能让墙壁呼吸、让子弹拐弯，陆沉必须在被同化前找到代码的裂缝。

当他终于抵达系统核心，却见到自称架构师的韩霜。对方告诉他，反抗本身也是设计的一环，他的每一次选择早已被写入预言。陆沉必须决定：接受真相，还是亲手砸碎这套循环。